水利工程的资质办理需要到水利部门或者当地的水务局进行申请。

具体流程如下：

1. 编制申请资料。申请人需要编制申请表、企业资质证明、项目相关证明文件等申请资料。

2. 提交申请材料。申请人需要将编制好的申请资料提交到当地水利部门或水务局。

3. 审核申请材料。当地水利部门或水务局将对申请材料进行审核，核实申请人及企业的资质和项目合法性。

4. 现场审核。审核通过后，水利部门或水务局还会进行现场审核，查看项目的执照、设备、材料等方面是否符合规定。

5. 颁发证书。审核通过后，根据申请人申请的资质等级的不同，颁发相应的资质证书。需要注意的是，不同地区的水利工程资质办理流程、申请条件、审核标准等可能存在差异，申请人要仔细查看当地的相关规定，并与当地水利部门或水务局进行咨询。