整理上海初中地理笔记时，可以按照以下步骤进行：

1. 准备笔记本：选择一个合适的笔记本，确保纸张质量良好，便于书写和标记。

2. 分章节整理：将地理知识分为不同的章节，如中国地理、世界地理等，以便于系统学习和复习。

3. 记录关键信息：在每一章节中，记录下重要的地理知识点，如地理位置、地形地貌、气候类型、自然资源等。

4. 绘制地图：对于重要的地理区域，可以手绘简图，标注出山脉、河流、城市等重要地标。

5. 制作表格：对于一些需要对比记忆的内容，如不同国家的气候类型、人口分布等，可以用表格的形式整理。

6. 使用颜色标记：利用不同颜色的笔或荧光笔，对重点内容进行标记，方便日后快速查找和复习。

7. 定期复习：在学习过程中，定期回顾整理的笔记，加深对地理知识的理解和记忆。