北京大学物理博士的培养单位是北京大学物理学院，北大物理学院大楼虽然与北大燕园之间被中关村大街隔开了，但它仍然属于北京大学燕园校区，而燕园校区就是北大本部。

所以可以肯定地说，北京大学物理博士是在北大本校上。