区别在于：X染色体较大，Y染色体较小。

染色体是细胞核内易被碱性染料染成深色的物质，由蛋白质和DNA组成，是遗传物质基因的载体；男、女体细胞中都有23对染色体，有22对染色体的形态、大小基本相同，称为常染色体；其中有一对即第23对染色体在形态、大小上存在着明显差异，这对染色体与人的性别决定有关，称为性染色体；女性体细胞中的性染色体形态大小基本相同，称为XX染色体，男性体细胞的性染色体中，较大的一条命名为X染色体，较小一条称为Y染色体．因此，Y染色体与X染色体在形态上有很明显的区别：X染色体较大，Y染色体较小。