内蒙古农业大学校本部座落在内蒙古自治区呼和浩市，该大学占地面积一只1.4万亩（包括科技园区）。

其中校园占地面积3360亩，校本部占地2630亩。内蒙古农业大学一共有三个校区，呼和浩市分东、西二个校区，另一个是内蒙古农业大学职业技术学院，校区在沙拉旗镇，是内蒙古自治区占地面积最大的大学。