南京大学有2个校区鼓楼校区和仙林校区仙林校区目前是本科1-3年级，所有本科新生都会入住仙林校区.仙林在地铁2号线南京大学仙林校区站.鼓楼校区是大四加上研究生。

鼓楼校区在地铁1号线鼓楼（靠近教学区）和珠江路站（靠近宿舍区）但是南大在考虑纵向搬迁，目前积极筹备把一些系整体搬迁到仙林。远期规划是全部搬迁到仙林，以仙林为主校区。浦口曾经是南京大学校区，现在是南京大学金陵学院（不是成教，成教在鼓楼办学），就是所谓的独立三本学院，和南京大学没有直接关系。