生产方法不同：新型冠状病毒灭活疫苗是将培养和扩增的活病毒用理化方法灭活后，通过一系列纯化技术制备的一种疫苗。

新型冠状病毒重组蛋白疫苗则是通过基因工程在体外细胞中表达最有效的抗原而制备的一种疫苗。

2.作用特点不同：新型冠状病毒灭活疫苗的主要特点是免疫应答强，具有良好的安全性和稳定性，运输方便。新型冠状病毒重组蛋白疫苗的特点是其生产过程比较安全，容易大规模生产，需要在2~8摄氏度冷藏低温运输。

3.注射剂次不同：新型冠状病毒灭活疫苗需要接种两剂；两剂之间的间隔建议≥3周，第二剂应在8周内尽早完成。新型冠状病毒重组蛋白疫苗需要接种3剂；建议相邻两剂之间的间隔时间为≥4周。第二剂应在第一剂后8周内完成，第三剂应在第一剂后6个月内完成。