西南联大是抗日战争时期国民政府为了保护北京大学、清华大学、南开大学等一批高校转移到祖国的大西南继续为祖国培养人才而成立的高校联盟。西南大学是新中国成立后地方成立的大学。二者之间没有关系。

西南大学是以西南师范大学为主，重庆农业大学等学校进行合并建立的在重庆的一所211大学。西南联合大学由国立北京大学、国立清华大学、南开大学在1938年4月，建立在昆明。抗战胜利后被撤销。西南大学是现代中国的重点大学。而西南联合大学是抗战时期联合办学的一个临时大学。所以二者名字不同，学校的性质不同，一个还存在，一个已成为史。

西南大学是在2005年由原西南农业大学和西南师范大学合并组建。两校同根同源，一墙之隔，位于重庆市北碚区，两校在解放前均属四川教育学院。而西南联大则成立于抗战时期，是由北京大学，清华大学南迀成立的，为国家培养了很多优秀人才。抗战胜利后，撤消了，北大，清华回到北京。