原子的排列不同，物质彼此间物理性质有差异；但由于是同种原子形成的，所以化学性质相似，例如：石墨能导电而金刚石不能是因为碳原子的排列方式不同造成的．

在比如说同素异形体，虽然是具有相同元素组成的单质，但原子的排列方式不同，物质的种类和性质也不同，如金刚石和石墨均是碳原子构成，但前者是空间网状排列，后者是多层平行排列 再比如有机物晶型的多样性和同分异构现象，对于由相同元素和原子数量组成的有机物，不同的结晶条件会得到不同的晶体结构，不同的原子排列方式也会得到具有不同性质的有机物