是根霉或毛霉菌的菌种发酵，接着便进入发酵和腌坯期。

最后根据不同品种的要求加以红曲酶、酵母菌、米曲霉等进行密封贮藏。因为这些都是可以食用的真菌，腐乳在制作过程中发酵，蛋白酶附着在菌皮上的细菌慢慢地渗入到豆腐坯的内部，会逐渐分解蛋白质，三个月至半年左右时间，腐乳就做好了。