整理初中生物笔记时，可以按照以下几个步骤进行：

1. 分章节整理：将课本内容按照章节划分，每个章节单独做笔记。

2. 使用彩色笔标记：用不同颜色的笔标注重点、难点和易错点，便于复习时快速找到关键信息。

3. 制作思维导图：对于复杂的概念或过程，可以用思维导图的形式来梳理关系和流程，帮助记忆和理解。

4. 归纳总结：在每个章节的末尾，用自己的话总结该章节的主要内容，加深印象。

5. 定期复习：及时回顾笔记，巩固所学知识，避免遗忘。

6. 记录疑问：在学习过程中遇到不明白的地方，及时记录下来，向老师请教或与同学讨论。通过以上方法，可以有效地整理初中生物笔记，提高学习效率。