南京市的二本大学主要包括：

1. 南京工程学院：以工程学科为特色，涵盖多个领域的综合性学院。

2. 南京晓庄学院：以师范教育为特色，培养基础教育师资的本科院校。

3. 南京审计大学：以审计、会计为特色，培养经济管理类人才的高校。

4. 南京财经大学：以财经类专业为主，涵盖经、管、法等多学科的本科学校。

5. 南京体育学院：以体育学为特色，培养体育专业人才的本科院校。

6. 南京艺术学院：以艺术学为特色，涵盖美术、音乐、设计等多个艺术门类的本科学校。

7. 南京特殊教育师范学院：以特殊教育为特色，培养特殊教育和康复人才的本科学校。这些院校各具特色，为学生提供了多样化的选择。