如果寄5000元的手机丢失了，一般情况下快递公司都会按照快递保价的金额进行赔偿，即5000元。

但需要提供相关证明材料，例如快递单、手机购买凭证等。此外，也可以选择购买快递公司的保险服务，以获得更加全面的赔偿保障。