在有瑕疵的衣服上绣花，可以按照以下步骤进行：选择合适的绣花工具：包括绣花针、绣花线、绣花垫等。

根据瑕疵的位置和大小，选择合适的针线和绣花垫，以确保绣花的平整和美观。确定绣花的图案：根据衣服的款式和瑕疵的位置，确定合适的绣花图案。可以使用刺绣书或者互联网上的设计软件来帮助设计。准备绣花线：选择与衣服颜色相配的绣花线，并准备好所需的其他材料，如剪刀、针线、尺子等。开始绣花：将绣花线穿过绣花垫的网格，并固定在衣服的瑕疵位置。使用合适的针法开始绣花，如平针、回针等。根据设计好的图案，逐渐完成绣花的制作。整理和修剪：完成绣花后，整理一下线头，确保没有松散的线头。如果需要，可以使用剪刀修剪线头。熨烫：使用熨斗将绣花部分熨烫平整，确保绣花的平整和美观。需要注意的是，在有瑕疵的衣服上绣花需要一定的技巧和经验。如果对刺绣不熟悉或者没有把握，建议先练习一些基本的刺绣技巧，或者寻求专业人士的帮助。