黑木耳有面包菌的原因有： 1、培养料（木屑）中含有大量的面包菌孢子，在蒸锅灭菌时因温度未达到100℃以上或温度已达到、但蒸锅时间不够，导致培养中的面包菌孢子没有被蒸死。

2、特别是干锯末子，拌料不均匀，水分浸不透，内部是干的，相对湿锯末子，干锯末子热传导速度慢，在同样的100℃温度和8个小时内，湿锯末子内部就能达到100℃，而干锯末子内部就达不到100℃，其内部的面包菌孢子就不能完全被蒸死。

3、接菌后菌种生长期出现面包菌主要是进菌后15天内的菌室高温高湿、不及时通风排潮引起的，或由于环境中这种杂菌过多在接菌时带入引起的。 4、菌丝长满袋后出现面包菌是由于菌丝体长期处于高温缺氧状态中，使其生命力较弱，后期感染病毒引起。