1. 阜阳三中自主招生总分为100分。

2. 这是因为阜阳三中自主招生考试总分由语文、数学、英语三科组成，每科满分均为100分，因此总分为300分。但是，考生只需参加其中两科的考试，每科满分为100分，所以总分为200分。同时，阜阳三中规定，自主招生考试总分占招生总分的50%，其余50%为初中学业水平考试成绩，因此自主招生总分为100分。

3. 阜阳三中自主招生总分的设定是为了更全面地考察考生的综合素质，同时也为了保证初中学业水平考试成绩的重要性，让考生更加注重学业水平的提高。