可可托海庇护着54种兽类，包括国家一级野生保护动物蒙古野马、赛加羚羊等国家二级保护的盘羊、鹅喉羊等荒漠野生动物。

两河源区是新疆鸟类资源最丰富的地区之一，列入国家保护的珍贵鸟类约39种。可可苏里还有一个名字：野鸭湖，可可苏里是哈萨克语，意思是“蓝色的湖”它是大地震时形成的地震断陷湖，湖面面积180万平方米，平均水深2米，湖中有大小浮岛20多个。每年春夏季节，野鸭、白鹭、水鸡、红雁，天鹑都会飞到这里生活，抬头远看白雪覆盖着山顶，近处水鸟在湖中嬉戏，湖边绿草如茵，山花盛开牛羊成群。