等位基因（alleles）是指位于同一染色体上相同位置，控制同一性状的基因的不同形式。

在二倍体生物中，每个基因座通常有两个等位基因，一个来自父本，另一个来自母本。这些等位基因可以有不同的表现形式，如显性和隐性。显性等位基因的表达不受隐性等位基因存在的影响，而隐性等位基因只有在两个等位基因都是隐性时才会表现出来。等位基因的多样性是遗传变异的基础，也是生物进化的关键因素。