西南大学目前是北碚校区和荣昌校区两个校区。两个个校区的区别是主校区与荣昌校区。北碚校区是西南大学主校区，这是全重庆乃至全国最大的校园，面积近一万亩。由原西南师范大学和西南农业大学组成。原西南农业大学在2001年与四川畜牧兽医学院，中国农业科学院柑桔研究所合併；

2005年西南农业大学与西南师范大学合并后，位于荣昌的原四川畜牧兽医学院就成了西南大学一个校区。

目前，西南大学共有两个校区，分别为北碚校区和荣昌校区，其中北碚校区为主校区。

1、地理位置不同

北碚校区：北碚区

荣昌校区：荣昌区

2、开设专业不同

北碚校区：绝大部分专业，包括师范专业、计算机专业等。

荣昌校区：少数专业，包括信息管理与信息系统、市场营销、物流管理、动物科学、水产养殖学、动物医学等。

3、报考人气不同

北碚校区：高，录取分数线也高。

荣昌校区：低，录取分数线也低很多。

4、外界口碑不同

北碚校区：好，重庆市少有的211大学名校之一，办学底蕴深厚，校园漂亮，外界评价高。

荣昌校区：差，被很多人认为是二本大学，校园占地小，与北碚校区没法比。