消化在胃腔内开始，由小肠的上皮细胞最后完成。

胃蛋白酶消化的最重要的特点是能够消化胶原蛋白。食物中的蛋白质大约只有lO%~20%在胃中被转化成朊间质、蛋白胨和少量多肽。食物中的大部分蛋白质是在十二指肠和空肠内经胰腺分泌的蛋白水解酶如胰蛋白酶、糜蛋白酶、羧基肽酶和弹性蛋白酶等进行消化的。在这个阶段仅有很小的一部分蛋白质能被水解成单个氨基酸，大部分被消化成二肽、三肽甚至更大的肽。蛋白质消化的最后阶段是在小肠肠腔内由分布在肠绒毛的肠上皮细胞完成，在通常情况下，蛋白质消化终产物的99%都是单个氨基酸，只有极少部分以肽的形式被吸收。