从化学的角度上说，小分子就是分子量很小的天然化合物，通常是指分子量小于1000道尔顿（尤其小于400道尔顿小分子）的生物功能分子；从生物角度上说，小分子就是具有生物活性的小肽、寡肽、寡糖、寡核苷酸、维生素、矿物质、小分子团水、植物次生代谢产物及其降解产物如苷元、黄胴元、甙元、生物碱等；

从营养角度上说，如果把蛋白质、脂肪、糖、维生素、矿物质、纤维素，称为“第一代营养素”，小分子是营养元素的“第二代”，简称之为“二代营养素”。