根据良渚遗址分层数据来看，以及良渚遗址的兴衰过程来确定的遗址文化层大致可分为五个阶段：早期早段：公元前3300-公元前3100，在较大范围内有良渚先民活动，已经出现高等级贵族墓地。

早期晚段：公元前3100-公元前2850，高等级贵族墓地进一步发展，遗址西北部水坝系统开始营建，莫角山土台开始及其周围河道被逐步利用，目前所见良渚遗址的布局，基本是这一时期统一规划建筑形成的。晚期早段：公元前2850-公元前2600，莫角山土台周围开始形成高地居址点，如卞家山和美人地。良渚古城城墙至少在这一阶段已使用，始建年代可能更早。贵族墓地仍在继续营建使用。晚期晚段：公元前2600-公元前2300，良渚古城墙及周边高地被作为居址点继续使用，因此古城墙外围生活废弃堆积大多为这一阶段形成。钱山漾文化阶段：公元前2300-公元前2000，钟家港河道、古城墙葡萄贩段还发现有钱山漾文化的遗物。在这之后，遗址上普遍覆盖了洪水淤积层，洪水导致遗址彻底废弃，直到战国时期这一带才重新有人类活动。