一般常用的有物理除藻和生物除藻。

物理除藻就是最早最原始的办法，定时的换水稀释掉水里的有机物，同时尽量减少光照。也可以使用紫外线杀菌灯来抑制藻类的生长。但是用紫外线的时候注意不要伤害到硝化菌。生物除藻就是运用一些以藻类为食的生物来对藻类的抑制。可以用一些清道夫、青苔鼠、食藻螺等放到鱼缸里，让它们吃掉绿藻。