拼多多作为一个电商平台，对于商家违规行为的处罚具有一定的规范。

关于秒杀商品缺货是否会被罚5000元，这个问题可能取决于多个因素，包括拼多多的平台规则、商家与拼多多签订的协议以及具体情况。一般来说，如果商家在参与拼多多秒杀活动时缺货，可能会面临处罚。具体的处罚金额可能因商家与拼多多签订的协议和违规严重程度而异。如果缺货情况严重，可能导致商家账户信用降级、限制活动参加资格、扣除保证金等。为了避免这种情况发生，商家在参与秒杀活动时应确保商品的库存充足，并密切关注订单状况，以避免因缺货而造成的损失。同时，商家也应该熟悉拼多多的平台规则，了解相关处罚措施，以便在遇到问题时能够及时采取应对措施。