沧海校区是校本部，图书馆、文山湖、杜鹃山等都在这里。

沧海校区有深圳大学化学与环境工程学院、深圳大学生命与海洋科学学院、深圳大学电子与信息工程学院、深圳大学材料学院、深圳大学机电与控制工程学院、深圳大学物理与光电工程学院、深圳大学计算机与软件学院、深圳大学建筑与城市规划学院、深圳大学土木工程学院。沧海校区是填海造陆的土地，意为沧海桑田，大家都叫它南区。