南昌大学抚州校区的区别是学历不同，南昌大学医学院是一本院校，临床系都是学五年的，毕业证是一本本科学历。

抚州医学分院是二本和专科学历。南昌大学抚州医学院是南昌大学的附属学院，毕业证一个是一本，毕业证一个是二本毕业证。现在抚州医学分院已从南昌大学剥离出来，是南昌大学的分院了。