不知道你用的什么软件，如果是PROTEL99SE的话，所谓的物理边界就是做出来的板子的边，一般都画在机械层；而电气边界指的应该是禁布线区域吧，也就是板子上不允许放置器件或走线的地方，必须画在Keepout层。

另外忠告一下，走线可以自动走走，低频信号问题不大。布局不要自动来，需要考虑很多。。。