基因污染(Genetic pollution)指对原生物种基因库非预期或不受控制的基因流动。

外源基因通过转基因作物或家养动物扩散到其他栽培作物或自然野生物种并成为后者基因的一部分，在环境生物学中我们称为基因污染。基因污染主要是由基因重组引起的。基因污染简介基因重组是不同基因通过酶促催化而产生转移、交换而重新组合的过程，能使生物表达出新的结构和功能特征。