在农村自建房办理房产证，首先需要确保您的房屋建设符合当地规划和土地管理的相关规定。

以下是基本步骤：

1. 准备材料：包括身份证、户口本、宅基地使用权证明或集体土地使用证、建设工程规划许可证、房屋竣工验收证明等。

2. 填写申请：到当地房产管理部门领取并填写《房屋所有权登记申请表》。

3. 提交申请：将准备好的材料和申请表提交给房产管理部门。

4. 缴纳费用：按照当地规定缴纳房产登记费等相关费用。

5. 等待审批：房产管理部门会对提交的材料进行审核，审核通过后会通知您领取房产证。请注意，具体流程可能因地区而异，建议咨询当地房产管理部门获取详细信息和指导。