番禺区共有四个镇，分别为石基镇、大石镇、洛浦镇、沙头镇。

石基镇位于番禺区西部，是该区历史悠久的镇，区域上有马头、大石、西村、马当、洛浦、新市、小岗、石基八个街道。大石镇位于番禺区的西北部，镇内有新宝岗、南丰、桥头、黄埔港、大石、四山四村六个街道。洛浦镇位于番禺区的中部，镇内有白花、南丰、洛浦、新田、新添村、宝藏村、荔新、昌乐八个街道。沙头镇位于番禺区的北部，镇内有沙头、笔架山、下埔、上坑、清溪、马当六个街道。