明代定都北京后，将皇陵选址于昌平的天寿山下，1451年，迁县治于永安城。

1506年，升为昌平州（辖怀柔、密云、顺义三县），成为明朝的京畿重镇。清雍正年间，辖县改属顺天府。1949年4月，昌顺联合县分设昌平县，属察哈尔省南口专区；8月1日起属河北省通县专区。1956年1月，由河北省划归北京市管辖，改称昌平区。1960年1月，复称昌平县。1999年9月16日，经国务院批准，撤县设区，昌平县改称昌平区。