南京中科院不是重点大学，是中国科学院的派出机构，1950年中国科学院接管原中央研究院在南京的科研单位，成立中国科学院华东办事处；1966年1月，中国科学院成立中国科学院华东分院南京办事处；1969年撤消南京办事处，全部业务交江苏省科技主管部门管理，1978年11月成立中国科学院南京分院。

目前南京分院系统拥有国家重点实验室3个、国家工程实验室2个、部委综合实验室1个，中科院重点实验室11个（含筹）。建有野外工作台站17个，其中国家重点台站5个。