南京农业大学王牌专业有金融学、社会学、生物科学、农业机械化及其自动化、食品科学与工程、农学、园艺、植物保护、种子科学与工程、农业资源与环境等。

如该大学金融学专业排名全国第58名（软科）。南京农业大学2017届毕业生就率为96.04%、本科生就业率为97.08%。研究生就业率为94.33%，其中，硕士生和博士生就业率分别为94.97%和91.50%。