引物设计有3 条基本原

首先引物与模板的序列要紧密互补。

其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构。

再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA 聚合反应(即错配) 。

具体实现这3 条基本原则需要考虑到诸多因素,如引物长度(primer length)，产物长度(productlength) ，序列Tm 值(melting temperature) ，引物与模板形成双链的内部稳定性(internal stability ，用ΔG值反映) ，形成引物二聚体(primer dimer) 及发夹结构(du2plex formation and hairpin) 的能值,在错配位点(falsepriming site) 的引发效率，引物及产物的GC 含量(composition)，等等。必要时还需对引物进行修饰,如增加限制性内切酶位点，引进突变等。