细胞膜上的蛋白, 主要有受体蛋白 (如G偶连受体蛋白, TLR等), 离子通道蛋白, 细胞连接蛋白, 细胞黏附蛋白(Integrin等), 核膜上的蛋白(如形成核孔的蛋白符合物); 叶绿体光合作用中心的光合作用蛋白等细胞质中的蛋白细胞骨架蛋白(微丝,微管蛋白), 各种蛋白类的酶, 各种信号通路效应蛋白, 可以在微丝,微管上运动的动力蛋白和马达蛋白等, 还有调节基因转录的转录因子, 与DNA结合的组蛋白, 与核糖体结合的核糖体蛋白，还有一些发光蛋白（如GFP）等

首先是没有细胞结构生物中的蛋白, 像病毒的衣壳蛋白, 和蛋白类病毒--朊病毒,还有就是单细胞生物如细菌等分泌的趋化因子, 蛋白类的酶等,