嘉兴学院下设商学院、数理与信息工程学院、文法学院、外国语学院、医学院、机电工程学院、生物与化学工程学院、材料与纺织工程学院、建筑工程学院、设计学院、平湖校区、南湖学院（独立学院）等17个教学单位。

现有41个本科专业和9个专科专业，涵盖经济学、管理学、工学、理学、文学、医学、法学、教育学等8大学科门类，拥有国家级特色专业建设点2个，省级重点学科3个，省级重点（建设）专业10个。