大约3.8亿年前，黄龙洞地区曾是一片汪洋大海，沉积了可溶性强的石灰岩和白云岩地层，经过漫长年代开始孕育洞穴，直到6500万年前地壳抬升，出现了干溶洞，然后经岩溶和水流作用，便形成了今日地下奇观。

在黄龙洞内，千百万年来，上述反应不断发生着，石灰岩逐渐变成碳酸氢钙而溶解掉，形成溶洞；溶有碳酸氢钙的水，当从溶洞顶滴到洞底时，由于水分的蒸发了或压强减少，而析出碳酸钙的沉淀。这些沉淀渐渐积聚，渐渐形成了石笋、石幔、石花等。