郑大一附院三个院区，河医院区、惠济院区、郑东院区。

三个院区相互协作，分工各有不同。河医院区现有格局不变，未来以高端科研为发展中心，并将口腔疾病的诊疗工作重点放在河医院区；惠济院区则以肿瘤、康复为主，同时考虑惠济院区离高速下站口近，附近居民多，院区附近医疗资源少的特点，重点提升、打造急救专业；新开诊的郑东院区是综合性医院，河医院区有的科室，郑东院区一个都不少，同时重点在眼科及心血管病治疗领域发力。