饿了么超时一单扣5元钱。

因为饿了么要求骑手在规定的时间内送达订单，如果超时则需要扣除违约金，一般为5元钱。需要注意的是，如果骑手在取餐前取消订单，则不会扣除违约金。同时，如果因为顾客原因导致订单延误，也不会扣除违约金。