海军工程大学目前有两个校区，分别是位于湖北武汉的主校区和位于江苏南京的研究生院校区。

主校区占地面积广阔，拥有现代化的教学楼、实验室和图书馆等教学设施，为学生提供良好的学习环境。研究生院校区则专注于研究生教育和科研工作，拥有一流的研究设备和实验室。两个校区相互配合，共同培养出优秀的海军工程人才，为国家的海军建设和发展做出重要贡献。