1.农药的过度使用棉花种植后，其生长不会受限，极易吸引害虫，所以种植人员需要喷洒大量的农药，以保证棉花的质量，增加产量。

但现实情况却是：喷洒的农药只要少部分被棉花吸收，剩下大部分的农药会被土壤吸收，有些还会漂散到空气中，造成污染。

2.加快土地荒漠化棉花种植和其他农作物相比，需要大量的水源进行浇灌，而我国水源分布有明显的差异性，特别是中西部地区，因为地形多为山川，河流较少，不易引水。例如：新疆位于我国西部，近几年大面积种植棉花，不断开源引流，导致河流流量减少，储藏在地表的水分很快蒸发，加快了土地荒漠化的速度。

3.肥料的使用我国因地形多样，不同地区的土壤肥力各不相同，所以，在棉花种植后，需要种植人员喷洒化肥，让棉花快速生长，但也有很多不良影响：其一，化肥和农药有很大的不同，农药是喷洒在作物表面，而化肥则是融入地下，从作物的根部发挥作用。目前，人们经常使用的化肥包括氮肥、磷肥及钾肥三种，很多种植人员经常把氮肥作为主要的肥料，导致土壤中氮的含量增加，破坏土壤原有的肥力。其二，大量氮肥的使用，不仅会增加土壤的氮含量，又经过雨水的冲刷，会将其带入河流与地下水，导致河流出现负营养化的现象，减少水生物的多样性，而地下水中硝酸盐的含量明显超标，人体摄入后必然会影响自身机能的正常发挥，以及长时间会直接影响人的生命健康。