目前用荧光探针作为检测信号的仪器，主要是考虑荧光标记所要检测的DNA的效率，以及荧光探针本身的发光效率和光谱特性。

1.末端标记：在引物上标记有荧光探针，在DNA扩增过程时，使新形成的DNA链末端带有荧光探针。

2.随机插入：选择四种缄机基，使其中一种或几种挂有荧光探针，在PCR过程中，带有荧光探针的碱基和不带荧光探针的碱基，同时参与DNA链的形成。由于带有荧光探针的碱基，可能影响PCR的产物，因此，需要调整荧光标记的碱基与未标记的碱基比率，以使得PCR产量和带有荧光探针的碱基在DNA的插入率达到一个平衡的水平，使杂交信号最强。主要考虑以下几个因素：荧光探针的激发和发射频谱；荧光探针的发光效率；荧光探针对PCR或逆转录效率的影响；不同荧光探针的发射光谱是否有重叠。常用的荧光探针：FITC，CY-3，ALEAX488，CY-5，ALEAX564