新疆师范大学的三个校区分别是温泉校区、昆仑校区和文光校区，它们有以下一些区别：

1. 地理位置：温泉校区位于水磨沟区观景路100号，昆仑校区位于沙依巴克区新医路102号，文光校区位于新市区喀什东路16号。

2. 承担的教学任务：温泉校区是学校主校区和行政中心，主要承担学校文科类专业本科、研究生的教育培养及预科教育培养任务；昆仑校区现主要承担学校理科、艺术类专业本科、研究生以及继续教育、远程教育、教师干部培训、留学生教育等任务；文光校区主要承担专科培养任务。综上所述，三个校区的区别在于它们所在的地理位置和承担的教学任务不同。