肽分子主要骨架结构是由[-氮原子-碳原子-碳原子-]反复串接而成。

其中两个碳原子的化学状态又不相同，N原子右侧的为带侧链基（Gly除外）的α-C原子，N原子左侧的为酰基C原子。除了Pro残基外，出现在肽及蛋白质分子中的其他十九种氨基酸残基上的N原子均带有一个H原子，后者作为H的供体可以与肽链上酰基中的O原子（H的受体）形成氢键。除了含残基数较少的寡肽外，一般的肽分子中往往存在密度很高的氢键缔合结构，即肽的二级结构。这些结构因为H供体与受体的位置差别，又存在一些不同的形式。