根据溶酶体的形成过程和功能，把溶酶体命名为前溶酶体和溶酶体。

晚期胞内体与脱包被的含有溶酶体酶的转运小泡融合成前溶酶体，它从高尔基体或细胞膜上的转运泡（如果是从细胞膜上通过胞饮作用在网格蛋白介导下回收的溶酶体酶则在脱去包被后形成胞内体）接受了新合成的水解酶和溶酶体膜蛋白，在质子泵的作用下，pH维持在低水平。随后已经糖基化且磷酸化的溶酶体酶与膜上的M6P受体分离。接着，M6P与溶酶体酶分离，溶酶体酶去磷酸化。pH再进一步降低，即成为溶酶体。而M6P受体则可以进一步回收至高尔基体TGN或细胞膜上。