河海鼓楼校区位于南京市鼓楼区清凉山北麓。

河海大学鼓楼校区教学区位于南京市江宁开发区，占地面积863亩，学生生活区占地面积134亩，教职工住宅占地80亩，总面积1077亩。江宁校区临近将军山、秦淮新河，是南京新时期发展的前沿，并与东南大学、南京航空航天大学相邻。