经典的分子遗传标记包括限制性片段长度多态性（RFLP）、随机扩增多态性（RAPD）、序列特定扩增多态性（SSCP）、单核苷酸多态性（SNP）和微卫星标记（STR）。

RFLP通过限制性内切酶切割DNA，检测特定片段长度的变异；RAPD利用随机引物扩增DNA片段，检测DNA序列间的差异；SSCP通过电泳检测DNA链的二级结构变异；SNP检测单个核苷酸的变异；微卫星标记检测DNA中短重复序列的变异。这些标记在遗传研究、种群遗传学和基因组学研究中广泛应用。