三层自建房电线主线一般使用6平方毫米或4平方毫米的线，这是根据房屋用电负载和线路长度来决定的。

而且，为保证电线导电安全，建议选择铜芯线而非铝芯线。在分段布置电线时，需根据用电设备功率及布局情况选择合适的线径和线型，因为电线过细会产生电线发热、电压降低等问题，而电线过粗则会增加成本和使用难度。在实际安装中，应遵循相关电气安全标准，确保电线安全可靠。