重庆交通大学有三个校区，重庆交通大学南岸校区位于重庆市南岸区海棠溪街道学府大道66号，据2016年7月学校官网显示，重庆交通大学由南岸校区、双福校区及大坪校区(重庆西南水运工程科学研究所)组成，重庆交通大学南岸校区占地面积2900余亩，校舍建筑面积74万多平方米。

重庆交通大学科学城校区位于江津区双福新区东北角，占地2400亩，建筑面积85万平方米。重庆交通大学大坪校区前身为西南水运工程科学研究所西科所拥有约30000 ㎡的试验场、12000㎡的专门试验厅。