分子进化速率单位通常用“Ma”表示，其中“M”代表百万年，而“a”代表每年。

这个单位是通过计算两种同源蛋白质中氨基酸的差异数（daa）和同源蛋白质中氨基酸残基数（Naa）的比值，再除以两种生物的分歧进化时间（T），得到的结果即为分子进化速率。分子进化速率计算公式：Kaa=(daa/Naa)/2T需要注意的是，分子进化速率单位与生物进化速率是不同的概念。分子进化速率反映的是分子层面的变化速度，而生物进化速率则反映的是生物种群层面的变化速度。因此，分子进化速率单位只能用于分子层面的比较，不能直接用于生物进化速率的比较。